Efectivamente se establece un límite basada en "las cuotas totales" cotizadas a la Seguridad Social (es decir la suma de las cuotas empresariales y obreras).
Por otra parte, verás que el Programa Padre, cuando despliegas esta deducción te da la posibilidad de marcar una casilla con una "X", si para cada uno de los meses, las cuotas en concepto de seguridad social han sido superiores a 100. Debes marcar esta "X" y no hará falta aportar ningún dato más, que de entrada tampoco conoces.
Simplemente con este paso, solucionas el problema.
Indicarte asimismo que el trabajador (contratos a tiempo parcial), cotiza en un porcentaje global de 6,40% sobre el salario bruto, mientras que la empresa lo hace al 32,10%, con lo que en caso de que solicitaran justificación, resulta evidente que el límite de 100 Euros, lo superará con toda claridad.